Προβλήματα  σε τρεις αγώνες δημιουργήθηκαν για το Κύπελλο Ελλάδος, λόγω ακαταλληλότητας των γηπέδων.
Αναλυτικά η ανακοίνωση της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας:

«Από την Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία ανακοινώνεται ότι μετά την απόφαση των κατά τόπους αστυνομικών αρχών να κηρύξουν ακατάλληλα προς διεξαγωγή αγώνων τα γήπεδα δημοτικό Πύργου και ΕΑΚ Κέρκυρας, η Επιτροπή Κυπέλλου προχώρησε στη μετάθεση των αγώνων που ήταν προγραμματισμένοι να διεξαχθούν σε αυτά.

Έτσι, οι αγώνες Πανηλειακός-Φωστήρας και Κασσιόπη-Δόξα Δράμας, που ήταν προγραμματισμένοι να διεξαχθούν στις 15/9/2013 και ώρα 16:00 στα δημοτικό Πύργου και ΕΑΚ Κέρκυρας, μετατίθετνται για την Τετάρτη 18/9/2013 και ώρα 16:00.

Επιπλέον, ματαιώθηκε ο αγώνας της 1ης φάσης Απόλλων Καλαμαριάς-ΑΠΣ Ζάκυνθος (14/9/2013, ώρα 16:30) με υπαιτιότητα του δεύτερου σωματείου».